MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia peacockii str. Rustic plasmid pRPR

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012732	GGT	2	6	43	48	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012732	GGC	2	6	64	69	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012732	GGAGGC	2	12	70	81	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012732	TTG	2	6	92	97	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012732	CTT	2	6	173	178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012732	TAG	2	6	268	273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012732	CTTG	2	8	277	284	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012732	ATT	2	6	326	331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012732	AGT	2	6	332	337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012732	TAC	3	9	353	361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012732	AGTA	2	8	439	446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012732	TACT	2	8	467	474	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012732	T	6	6	516	521	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012732	TAA	2	6	572	577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012732	T	6	6	581	586	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012732	A	6	6	2046	2051	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012732	CGGA	2	8	2119	2126	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_012732	TAA	2	6	2137	2142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012732	CAT	2	6	2154	2159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012732	AGA	2	6	2160	2165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012732	A	6	6	2165	2170	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012732	AAT	2	6	2181	2186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012732	GAT	2	6	2200	2205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012732	AGTA	2	8	2209	2216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012732	TACT	2	8	2237	2244	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012732	TAA	2	6	2350	2355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012732	CAA	2	6	2358	2363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012732	CAA	2	6	2378	2383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012732	T	7	7	2433	2439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012732	TTC	2	6	2462	2467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_012732	AGG	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012732	TAAA	2	8	2555	2562	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012732	ATG	2	6	2563	2568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012732	ATT	2	6	2668	2673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012732	A	6	6	2691	2696	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012732	GAT	2	6	2722	2727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012732	TAA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012732	ACC	2	6	2744	2749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_012732	AATT	2	8	2750	2757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012732	A	6	6	5117	5122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012732	A	7	7	5135	5141	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012732	ATA	2	6	5149	5154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012732	CTA	2	6	5166	5171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012732	AG	3	6	5173	5178	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012732	ACA	2	6	5235	5240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012732	A	6	6	5252	5257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012732	ATT	2	6	5265	5270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012732	AAGA	2	8	5297	5304	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012732	CAAA	2	8	5324	5331	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012732	AAG	2	6	5332	5337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012732	A	8	8	5388	5395	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012732	TAA	2	6	5446	5451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012732	A	6	6	5566	5571	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012732	AATT	2	8	5629	5636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012732	CAAA	2	8	5654	5661	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012732	TA	3	6	5710	5715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012732	TTG	2	6	5719	5724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012732	AG	3	6	5765	5770	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012732	TGA	2	6	5783	5788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012732	A	6	6	5804	5809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012732	TTA	2	6	5830	5835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012732	TAT	2	6	5885	5890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012732	GAAA	2	8	6038	6045	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012732	AAG	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012732	T	6	6	6072	6077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012732	AAG	2	6	6116	6121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012732	AAG	2	6	6130	6135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012732	CCTG	2	8	6153	6160	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012732	ATA	2	6	6252	6257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012732	A	6	6	6288	6293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012732	TTAT	2	8	6321	6328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012732	AGA	2	6	6364	6369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012732	ATTT	2	8	6378	6385	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012732	TGATT	2	10	6454	6463	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012732	ATTA	2	8	6517	6524	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012732	ATT	2	6	9459	9464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012732	CCA	2	6	9502	9507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_012732	TCA	2	6	9514	9519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012732	TTC	2	6	9542	9547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012732	TGA	2	6	9576	9581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012732	CAC	2	6	9582	9587	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_012732	TGTT	2	8	10390	10397	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012732	ATT	2	6	11419	11424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012732	ATC	2	6	11496	11501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012732	A	7	7	11527	11533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012732	T	9	9	11534	11542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012732	AAAC	2	8	11585	11592	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012732	T	6	6	11593	11598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012732	TAT	2	6	11618	11623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012732	A	6	6	11626	11631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012732	TAAT	2	8	11659	11666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012732	TAA	2	6	11728	11733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012732	TAA	2	6	11799	11804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012732	TAA	2	6	11807	11812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012732	AG	3	6	11829	11834	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012732	AAT	2	6	11867	11872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012732	AAT	2	6	11909	11914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012732	AATTC	2	10	11930	11939	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012732	TTGTA	2	10	11947	11956	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012732	AC	3	6	11982	11987	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012732	CTA	2	6	12016	12021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012732	TTA	2	6	12031	12036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012732	TAG	2	6	12053	12058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012732	TAA	2	6	12310	12315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012732	AGTT	2	8	12408	12415	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012732	GTT	2	6	14323	14328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012732	TTC	2	6	14346	14351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012732	ATAA	2	8	14366	14373	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012732	TA	3	6	14417	14422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012732	TCC	2	6	14445	14450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_012732	GAAA	2	8	14497	14504	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012732	CAA	2	6	14526	14531	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_012732	GGT	2	6	14639	14644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012732	TAA	2	6	14665	14670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012732	ATT	2	6	14674	14679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012732	ATT	3	9	14698	14706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012732	AGC	2	6	14815	14820	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012732	TAA	2	6	14842	14847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012732	AGT	2	6	14881	14886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012732	AGCT	2	8	14919	14926	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012732	CTA	2	6	14954	14959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012732	CTT	2	6	15021	15026	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012732	TGTT	2	8	15045	15052	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012732	TCT	2	6	15062	15067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012732	ATT	2	6	15088	15093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012732	GCA	2	6	15214	15219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_012732	T	6	6	15223	15228	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012732	T	6	6	15264	15269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012732	TCA	2	6	15283	15288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_012732	TCA	2	6	15298	15303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_012732	TTA	2	6	15334	15339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012732	TA	3	6	15347	15352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012732	CTAAT	2	10	15416	15425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012732	AT	3	6	15450	15455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012732	TCCT	2	8	15482	15489	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_012732	TAT	2	6	15502	15507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012732	T	6	6	15538	15543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012732	TGCTA	2	10	15560	15569	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012732	CAA	2	6	15600	15605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_012732	TTA	2	6	15644	15649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012732	TTA	2	6	15665	15670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012732	GGA	2	6	15679	15684	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012732	AAT	2	6	15698	15703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012732	TTCTA	2	10	15715	15724	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_012732	TA	3	6	15780	15785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012732	AGA	2	6	15802	15807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012732	AAT	2	6	16352	16357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012732	T	6	6	16364	16369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012732	ATT	2	6	16371	16376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012732	TTA	2	6	16383	16388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012732	TTTA	2	8	16395	16402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012732	AGG	2	6	16411	16416	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012732	TAA	2	6	16898	16903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012732	TAG	2	6	16910	16915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012732	ATCC	2	8	16917	16924	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
156	NC_012732	CCTT	2	8	16958	16965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_012732	TAA	2	6	17047	17052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_012732	TTA	2	6	17067	17072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012732	TA	3	6	17089	17094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_012732	CAA	2	6	17146	17151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_012732	TAA	2	6	19267	19272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_012732	ATTT	2	8	19276	19283	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012732	A	6	6	19330	19335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_012732	GGT	2	6	19410	19415	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_012732	ATC	2	6	19428	19433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_012732	AAAC	2	8	19442	19449	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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169	NC_012732	TTGCC	2	10	19504	19513	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
170	NC_012732	AGG	2	6	19541	19546	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_012732	A	6	6	19554	19559	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_012732	CAA	2	6	19571	19576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_012732	AAC	2	6	19607	19612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_012732	AT	3	6	19696	19701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_012732	ATT	2	6	19709	19714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_012732	ATTA	2	8	19716	19723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_012732	ATTTT	2	10	19748	19757	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_012732	TTATA	2	10	19783	19792	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_012732	TA	3	6	19797	19802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_012732	GTCAG	2	10	19904	19913	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_012732	GTT	2	6	20124	20129	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_012732	T	6	6	20216	20221	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_012732	TGT	2	6	20293	20298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_012732	GTG	2	6	20304	20309	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012732	T	7	7	20366	20372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_012732	GAA	2	6	20530	20535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_012732	CTTT	2	8	20556	20563	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
188	NC_012732	T	6	6	20561	20566	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_012732	TCA	2	6	20573	20578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_012732	AT	3	6	20774	20779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_012732	TCAT	2	8	20852	20859	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
192	NC_012732	CTTT	2	8	20918	20925	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
193	NC_012732	TGTT	2	8	21082	21089	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
194	NC_012732	GTA	2	6	21110	21115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_012732	TAT	2	6	21150	21155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_012732	ACA	2	6	21173	21178	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_012732	T	6	6	21626	21631	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_012732	CTT	2	6	21664	21669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_012732	T	6	6	21668	21673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.